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硒蛋白（selenoprotein），是含硒的蛋白的简写。通常的理解误区是－－认为只有含有硒半胱氨酸残基的蛋白质才是硒蛋白，或硒蛋白只含有 硒半胱 氨酸残基。事实上，只有硒酶（selenoenzyme）几乎都是以硒半胱氨酸残基作为催化中心的硒蛋白，而不是所有的硒蛋白都具有催化功能。

所以严格意义上，硒蛋白主要分以下两类:含有硒半胱氨酸的硒蛋白绝大多数情况下，硒半胱氨酸是承载硒元素最主要的方式，硒半胱氨酸也因其重要性被称作第21个氨基酸，在哺乳动物体 内参与蛋白组成，所以这种情况下硒蛋白也就是含有硒半胱氨酸的蛋白。例如，哺乳动物体系的硫氧还蛋白还原酶就是属于硒蛋白，硒半胱氨酸是借助掺硒辅助元 件，通过UGA中止密码子介导的、特异性的编码合成。含有硒甲硫氨酸的硒蛋白硒以硒甲硫氨酸或硒蛋氨酸为主要结合态存在于粮食中。虽然硒甲硫氨酸参入蛋白质合成可能是随机过程，但是含有硒甲硫氨酸的蛋白也称为硒蛋白。